Епископ Иоанникий (Сперанский), в миру - Иван Никанорович Сперанский, родился 31 декабря 1885 г. в Налючи, Старорусский уезд, Новгородской губернии в семье священника.
Отец - Никанор Сперанский, настоятель Троицкой церкви села Налючи.
Окончил Старорусское духовное училище, Новгородскую духовную семинарию.
В 1911 году окончил Санкт-Петербургскую духовную академию со степенью кандидата богословия за сочинение "Литературная деятельность преподобного Нила Сорского".
Состоял псаломщиком в Санкт-Петербурге, Новгородской епархии, в Успенской церкви Старой Руссы.
В 1917-1918 годах участвовал в работе Поместного Собора как представитель низших клириков епархии. Выступил с речью в защиту патриаршества.
Осенью 1918 года, почти сразу после окончания работы Поместного Собора, принял монашеский постриг в Иверском монастыре в г. Валдае. Постригал в монашество его архимандрит Иосиф (Николаевский).
В 26 мая 1919 года в день Святой Троицы рукоположён епископом Димитрием (Сперовским) во иеродиакона, а 27 мая 1919 года (Духов день) — в сан иеромонаха.
14 апреля 1921 года возведён в сан игумена, а 9 апреля 1922 года — в сан архимандрита.
С 1921 по 1923 год — настоятель Новгородского Антониева монастыря.
27 мая 1923 года был тайно рукоположен — епископом Бирским Трофимом (Якобчуком) и епископом Валдайским Иосифом (Николаевским) во епископа Старорусского, викария Новгородской епархии. Хиротония совершена в Новгородском Юрьевском монастыре и затем утверждена Патриархом Тихоном.
В 1923—1924 годах — временный управляющий Новгородской епархией.
В 1926—1927 годах в заключении в Новгородской тюрьме.
С 29 апреля 1931 года — епископ Орловский.
После отказа от занятия кафедры уволен на покой.
Проживал в Старой Руссе до ареста 18 февраля 1934 года, приговорен к 5 годам ИТЛ.
Освобожден из заключения в 1939 году; получил разрешение поселиться в городе Валдай.
В начале Великой Отечественной войны эвакуирован в Красноярск. 23 января 1948 года, после смерти епископа Красноярского Софрония, назначен на Красноярскую кафедру, викарием Новосибирской епархии.
В 1955 году был арестован после выступления девочки-пионерки в его храме с приветственным словом к митрополиту Новосибирскому Варфоломею (Городцову). По рассмотрении дела епископ был оправдан и освобождён. Несмотря на оправдание епископа, власти потребовали от Патриарха его удаления из Красноярска.
В 1956 году Патриархом Алексием I определён на жительство в Кицканский монастырь Кишинёвской епархии. Проживал в монастыре на покое до его закрытия в 1962 году.
2 ноября 1962 года епископу Иоанникию было определено пребывать в Псково-Печерском монастыре. Туда же вскоре был направлен и епископ Феодор (Текучёв).
В последние годы жизни епископ Иоанникий потерял зрение, смиренно переносил свои старческие немощи. Вёл замкнутый, аскетический монашеский образ жизни и был всегда чрезвычайно скромен во всем: и в пище, и в одежде, и в обстановке кельи - за это он пользовался неизменным уважением печерской братии. Любил служить заупокойные службы, поминать усопших.
Скончался 2 ноября 1969 года в Печорах. Похоронен в пещерах Успенского Псково-Печерского монастыря.
