Монастырь охраняется государством в составе Музея-заповедника А. С. Пушкина.
Главнейшая святыня монастыря — икона Богородицы Одигитрия, была найдена около 1566 года пастухом Тимофеем на одном из холмов в окрестностях города Воронич (ныне городище Воронич в составе музея-заповедника А. С. Пушкина).
Из истории:
Основан в 1569 году по приказу царя Ивана Грозного как один из приграничных форпостов Русского царства, в память явления блаженному Тимофею Вороничскому, пастуху, Христа ради юродивому, Богородичных икон "Умиление" и "Одигитрия" на Синичьей (впоследствии - Святой) горе.
Основателем стал псковский наместник князь Юрий Токмаков.
В конце XVI века пострадал от нашествия войск польского короля Стефана Батория.
В XVI столетии при монастыре возникла слобода Тоболенец (название дано по имени близлежащего озера), к началу XVIII века разросшаяся в село Святые Горы (с 1925 года — Пушкинские Горы).
В XVIII веке утратил своё оборонительное значение. При монастыре ежегодно проводились ярмарки, привлекавшие большое количество купцов и народа.
Святогорский монастырь широко известен как место погребения русского поэта Александра Сергеевича Пушкина (похоронен в родовой усыпальнице Ганнибалов-Пушкиных в 1837 году). Синодальным распоряжением от 19 марта 1899 года к столетию со дня рождения поэта монастырь был переведен из третьего во второй класс штатных монастырей.
В 1924 году Святогорский мужской монастырь был осквернен и закрыт советскими властями.
В годы Великой Отечественной войны здания монастыря серьёзно пострадали, некоторые были разрушены, иные заминированы немцами.
К 1949 году большая часть монастырских строений была восстановлена и до 1992 года использовалась как экспозиционная и административная часть Государственного мемориального музея-заповедника А. С. Пушкина.